Обычно если NeoGS стоит совместно с другой платой то он (NeoGS) должен стоять в первом слоте (с точки зрения выставления сигнала IORQGE). Ибо платы с неполным декодированием портов, могут перехватить управление на себя и блокирнуть обращение к NGS (это ксати касается и классического GS).
По поводу программного ресета:
Писателям под NGS рекомендуется при старте делать программный сброс NGS. ЧТобы он вернулся в дефалтовое состояние после любых операций других программ/плееров. (Для старых программ/ игрушек это можно сделать в басик загрузчике командой как рекомендовал Савелий).