Я после всех этих глюков IDE, когда делал Combodevice, спаял контроллер по оригинальной схеме типа на настоящих ))) микросхемах и все осталось точно также. Подбирал даже серии микросхем и нифига. Для себя решил, что скорее всего дело либо в программной реализации внутри ДОСа, либо в упрощеной схемотехнике оригинального контроллера.
Нужно просить Improver посмотреть как вся эта связка работает и в чем корень бед. Он единственный кто внутри Доса что-то делает и с железками дружит, но у него нет IDE насколько я знаю.