Проблема выглядит так - добавил ( например ) человек подключение своего DSK-образа в ini-секцию эмулятора какого-то диска в файле конфигурации default.cfg, а в новом релизе в default.cfg этого нет - вот и приходится каждый раз снова редактировать default.cfg.
При всей кажущейся простоте - полноценная автоматизация "слияния конфигов" весьма непроста, а неполноценная приведёт к появлению неработоспособных конфигов, найти "неисправность" в которых гораздо сложнее, чем сразу сделать всё вручную.