Завершил перенес проекта обратно на Rev.A. И сегодня наконец компьютер запустился. Так что можно сказать, что Rev.A работает. Конечно еще много работы по организации интерфейса ПЛИС с STM32, дисководами и пр., но это все уже будет делаться на работающем проекте, что очень радует.
Перенос занял некоторое время, так как была очень тонкая "сопля" припоя между выходом на DQ11 (SDRAM) ПЛИС и землей, которую незаметно было если целенаправленно не вглядываться. Так что пришлось провести кучу тестов и локализовать проблему. Вот фотка работы Rev.A. Как видите запись и чтение SDRAM теперь работает без проблем.
Есть некоторые шероховатости пока (например, были перепутаны красный и синий в прошивке Mach2 - пофиксено), но все они не в "железе" и незначительны - могут быть отполированы в дальнейшем. Пока планирую заняться дисководом 140К на STM32 и интерфейсом с ПЛИС, чтобы можно было загрузить тесты, проверить работу всех узлов и завершить с железной частью.