Вижу вижу.
Да, в этом user manual много ошибок. Чтобы не разбираться, что из них является опечатками, а что ошибками по существу, лучше всего этим документом не пользоваться вовсе.
С точки зрения написания эмулятора удобен этот документ:
http://z80.info/decoding.htm
Этот документ описывает выверенную, полную и однозначную модель, которую без всяких адаптаций можно реализовать в эмуляторе процессора для декодирования оп-кодов. Именно этим документом я пользовался при написании эмулятора Спектрума, эмулятор процессора которого выложен в исходных текстах выше в этой теме.
Посмотрел видео со знаками вопроса. Впечатление следующее. Во-первых, действительно похоже на проблемы с эмуляцией процессора. Во-вторых, похоже, что проблем с эмуляцией процессора несколько.
Что можно сделать. Можно посмотреть на упоминавшиеся исходные тексты. Если есть хоть какой-нибудь шанс, что они могут быть использованы в вашем эмуляторе, наверное, это будет самый короткий путь. Причем не только сейчас, когда речь идет о проверке работы Бейсика, но и в будущем, когда понадобится эмулировать времянки для памяти и портов. Кроме того, я попробую найти ваши исходные тексты и посмотреть, хотя бы мельком, в чем может быть дело.