Нашел я причину (-ы) неустойчивой работы собранного мною Willem с AT29F040A. Виновницей была еще одна «залипуха» на плате, которая влияла на выбор старших адресов, причем проявлялось это только в том случае, если одновременно выбирался адрес и сигнал OE (поэтому сначала при проверке при помощи встроенного в ПО теста я ничего и не заметил). Теперь указанная микросхема программируется без ошибок (я пробовал раза 3 ее "перепрошивать"), правда, только с программой версии 0.98D5 (с 0.97ja она микросхема по-прежнему не «шьется» совсем). С микросхемой MX28F2000p, на мой взгляд, я также разобрался. Похоже, что виновата сама микросхема. Микросхема была взята со сгоревшей в результате выхода блока питания материнской платы. У этой микросхемы почему-то вывод 1 (Vpp) практически закорочен с выводом 32 (Vcc) (сопротивление всего 15 Ом). Я это заметил, когда измерил напряжение на выводе Vpp (оно уменьшилось при попытки программирования этой микросхемы с 12,7 вольт до 6).