И где такие взять? Чисто эстетически будет плохо смотреться если плата будет с разными панельками, если использовать ее без этажерки. Мне кажется, что проблему этажерки надо решать самой этажеркой. Наиболее просто и оптимально впаять в процессорное место на этажерке панель с удлиненными ногами. Все остальное при этом останется таким же.
Не вижу особо других вариантов разводки, кроме как расположить джойстик по длинной строне около процессора.
Сказать, что сильно не продумана тоже нельзя, разъемы выведены на край, а не во внутрь, что удобно.
Пункт 3 - не такая уже проблема, просто нужно ставить тот вариант, который я предложил и все будет окей. Главное не напороться, примерить как следует, что все подходит.
Сама конструкция выглядит очень симпатично, у меня даже мысли возникли, что и нафиг не нужен этот встроенный AY.