Так, что-то я припоминаю. У меня на атмеге 128 не пошли внешние прерывания при разгоне на 20 МГц, и пришлось делать через прерывания от аналогового компаратора. Они работают стабильно. На 2313 скорее всего такие же заморочки: при разгоне перестаёт реагировать на инты снаружи. А есть старая версия программы для более низкой частоты?